EOIP за существующим файерволом

Прежде всего, EoIP — это приложение, использующее GRE как транспортный протокол, поэтому либо у вас уже есть какой-то L3 VPN между сайтами, предоставленный Sonicwall, либо вам нужно создать такой VPN между Mikrotik, что предполагает, что хотя бы на одном из сайтов есть публичный IP-адрес. В маловероятном случае, если вас совсем не интересует шифрование туннеля, будет достаточно того, чтобы и Sonicwall, и файрвол на удалённом сайте пересылали GRE-пакеты, приходящие на их WAN от удалённого сайта, к IP-адресам Mikrotik, но в этом случае у обоих сайтов должен быть публичный адрес. С другой стороны, если вы создадите собственный VPN между Mikrotik, то EoIP может оказаться не лучшим выбором для вашей задачи. В общем, видно, что нужно учитывать множество нюансов, и чтобы дать правильный совет, нужно предоставить больше деталей о текущей и планируемой конфигурации и топологии на обоих сайтах.

Я быстренько нарисую схему.

Как вы правильно поняли сами, вам нужен мост. Допустим, сейчас 192.168.1.253/24 статически настроен прямо на ether1. Тогда делаете следующее:  
/interface bridge add name=br-x  
Теперь нажмите Ctrl-X, чтобы перейти в безопасный режим, если вы подключены через ether1.  
/interface bridge port add bridge=br-x interface=ether1 ;  
/ip address set [find interface=ether1] interface=br-x
Если не потеряли соединение, можно снова нажать Ctrl-X, чтобы выйти из безопасного режима и удалить вышеописанные изменения из буфера отката (конечно, не нажимайте, если не нажимали при предыдущем шаге).  
Если на Mikrotik используются какие-то правила IP-файрвола, везде замените ether1 на br-x.  

Дальше настраиваете туннель EoIP:  
/interface eoip add name=eoip-site2 local-address=192.168.1.253 remote-address=192.168.2.253 mtu=1500 disabled=yes  

Установка MTU очень важна, потому что, если оставить на auto, он подстроится под текущий MTU порта, через который уходит туннельный трафик, минус заголовок EoIP. Но так как MTU моста автоматически принимается равным минимальному MTU среди всех портов моста, а в этой конфигурации EoIP-пакеты идут через мост, MTU быстро опустится до нуля, как только вы добавите EoIP-порт в мост. Если заставить MTU для EoIP равным 1500, интерфейс сможет принимать достаточно большие Ethernet-кадры для передачи 1500-байтовых IP-пакетов в туннеле и при необходимости тихо разбивать их на более мелкие транспортные пакеты.  

Теперь добавьте интерфейс EoIP в тот же мост, что и ether1:  
/interface bridge port add bridge=br-x interface=eoip-site2  

На другой стороне интерфейс с 192.168.2.253/24 остается отдельно (вы же не хотите, чтобы обе подсети были в одном L2 сегменте). Туннель EoIP на той стороне настроится так:  
/interface eoip add name=eoip-site1 local-address=192.168.2.253 remote-address=192.168.1.253 mtu=1500 disabled=yes  

Если используете стандартный файрвол Mikrotik, добавьте protocol=!gre в правило action=drop с connection-state=invalid в цепочке input /ip firewall filter.  

Готово — теперь можно включать интерфейсы туннеля EoIP по обеим сторонам.  

Осталось только сделать так, чтобы EoIP на Mikrotik 2 и Ethernet-порт, к которому подключен свитч для расширения LAN Site 1, были портами одного моста. Вот и всё.